Les lésions d’endométriose peuvent être classées en trois types principaux. Les lésions péritonéales sont les plus fréquentes : des îlots d’endomètre glandulaire et de stroma sont entourés par un réseau de néovaisseaux, un phénomène qui ferait suite au reflux tubaire du sang menstruel. Les localisations ovariennes, les endométriomes, sont des kystes pratiquement extraovariens.